De retour des Cavernes de l'Est, Eli et sa bande découvrent que les 99 Cavernes sont menacées. Pensant protéger les slugs, les Ombres réunissent toutes celles qu'elles trouvent au même endroit ...

Au cours d'une bataille avec le professeur Blakk, le protecteur de Slugterra, Will Shane, envoie un ultime message à son fils, resté à la surface... Avec l'aide de ses nouveaux amis Pronto, Trixie et ...